സിസ്റ്റർ അഭയ കേസ് പ്രതികൾക്ക് വിചാരണക്കോടതി നല്‍കിയ ശിക്ഷ ഹൈക്കോടതി മരവിപ്പിക്കുകയും ജാമ്യം അനുവദിക്കുകയും ചെയ്തു. പ്രതികളായ ഫാ. തോമസ് കോട്ടൂരിനും സിസ്റ്റർ സെഫിക്കുമാണ് ജാമ്യം അനുവദിച്ചത്. ജസ്റ്റിസ് കെ വിനോദ് ചന്ദ്രൻ, ജസ്റ്റിസ് സി ജയചന്ദ്രൻ എന്നിവരടങ്ങിയ ഡിവിഷൻ ബെഞ്ചിന്റെ ആണ് വിധി.അഞ്ചു ലക്ഷം രൂപ കെട്ടി വയ്ക്കണം, സംസ്ഥാനം വിടരുത്, മറ്റു കുറ്റകൃത്യങ്ങളിൽ ഏർപ്പെടരുത് തുടങ്ങിയ കർശന ഉപാധികളോടെയാണ് ജാമ്യം അനുവദിച്ചത്. തിരുവനന്തപുരം സിബിഐ കോടതിയുടെ ശിക്ഷാ വിധി റദ്ദാക്കണം എന്ന് ആവശ്യപ്പെട്ടു നൽകിയ അപ്പീൽ ഹൈക്കോടതിയുടെ പരിഗണനയിലുണ്ട്. ഈ അപ്പീലിൽ വിധി വരുന്നതു വരെ ശിക്ഷ മരവിപ്പിക്കണമെന്നും ജാമ്യം അനുവദിക്കണം എന്നുമായിരുന്നു പ്രതികളുടെ ആവശ്യം. ജോസ് പിതൃക്കയിലിനെ തെളിവുകളുടെ അഭാവത്തിലാണ് കുറ്റ വിമുക്തനാക്കിയത്. അദ്ദേഹത്തിനു ലഭിച്ച സ്വാഭാവിക നീതിക്ക് തങ്ങളും അർഹരാണെന്നും പ്രതികൾ വാദിച്ചു. കോട്ടയം ബിസിഎം കോളജിൽ പ്രീഡിഗ്രി രണ്ടാം വർഷ വിദ്യാർഥിനി ആയിരിക്കെ സിസ്റ്റർ അഭയയെ 1992 മാർച്ച് 27നാണു കോട്ടയം പയസ് ടെ‍ൻത് കോൺവന്റിലെ കിണറ്റിൽ മരിച്ച നിലയിൽ കണ്ടെത്തിയത്. 2020 ഡിസംബർ 23ന് കേസിൽ ഫാദർ തോമസ് കോട്ടൂരിനെ ഇരട്ട ജീവപര്യന്തം തടവിനും സിസ്റ്റർ സെഫിയെ ജീവപര്യന്തം തടവിനും ശിക്ഷിച്ചു. തിരുവനന്തപുരം സിബിഐ കോടതിയുടേതായിരുന്നു വിധി.
